PHÂN LOẠI VÀ DANH PHÁP
Phân loại học (Taxonomy systematics): Là khoa học phân loại gồm 2 nhánh là phân loại “classificataion” và danh pháp “nomenclature”.
Phân loại là sắp xếp các các đơn vị phân loại “taxon” vào các nhóm khác nhau theo mối quan hệ của chúng dựa theo các tiêu chí xác định.
Danh pháp là đặt tên các đơn vị phân loại theo một qui tắc xác định.
Cả phân loại và danh pháp gắn liền với nhau và nhâm mục tiêu: Tạo ra một sự sắp xếp có trật tự các virus tạo thuận lợi cho việc trao đổi thông tin về một virus và dự đoán tính chất của các virus mới và mối quan hệ của chúng với nhau.
LỊCH SỬ DANH PHÁP VÀ PHÂN LOẠI VIRUS
Khi virus được nghiên cứu lần đầu khoảng 1 thế kỷ trước thì vào thời gian đó bản chất của virus vẫn chưa được biết: Chúng không nuôi cấy được trên môi trường nhân tạo, không quan sát được dưới kính hiển vì và chúng cũng không di chuyển qua màng lọc vi khuẩn. Do vậy, các nhà virus học đầu tiên đã đặt tên loại tác nhân gây bệnh bí ẩn này bằng tên cây ký chủ và triệu chứng đặc trưng nhất, chẳng hạn virus khâm là thuốc lá (Tobacco Mosaic Virus, TMV).
Lúc này, virus được xem là một tác nhân gây bệnh ổn định có nghĩa trên một cây ký chủ cụ thể thì các bệnh khác nhau (dựa vào triệu chứng) là do các virus khác nhau gây ra.
Đầu những năm 1930, các nhà khoa học đã nhận thấy rằng: (1) Các virus có thể tổn tại dưới dạng các chúng khác nhau và các chủng này có thể gây ra triệu chứng rất khác nhau trên cùng một cây ký chủ, (2) Các virus khác nhau có thể gây triệu chứng giống hệt nhau trên cùng một cây ký chủ và (3) Một bệnh trên một cây có thể do hai virus khác nhau gây ra.
Năm 1927, Johnson để xuất rằng việc định tên một virus ngoài triệu chứng còn cần phải nói đến các đặc điểm khác và đề nghị đặt tên virus bằng tên thông thường (common name) của ký chủ + từ virus + một số chỉ virus, ví dụ TMV đổi thành Tobacco Virus 1.
Năm 1935, Johnson và Hoggan đã sử dụng 5 đặc điểm sau để phân loại virus thực vật:
Phương thức lan truyền.
Ký chủ tự nhiên và cây chỉ thị.
Thời gian tồn tại trong dịch chiết cây (longevity in vitro, LIV).
Ngưỡng nhiệt độ mất hoạt tính (thermal death point, TDP).
Triệu chứng.
Dựa trên cách phân nhóm trên, khoảng 50 virus đã được xác định trong thời gian này.
Năm 1937, Smith để xuất cách đặt tên và phân nhóm kiểu khác. Các virus được đặt tên và phân nhóm theo tên khoa học của ký chủ mà trên đó virus được phát hiện đầu tiên. Như vậy TMV được đổi thành Nicotiana virus 1. Theo hệ thống của Smith, có 15 virus thuộc nhóm Nicotiana trong tổng số 51 virus. Với cách phân nhóm này, các virus rất khác nhau về nhiều đặc điểm cơ bản lại được xếp vào cùng nhóm và do đó đây không phải là phân loại.
Năm 1939, Holmes đưa ra một cách phân loại trong đó dựa chủ yếu vào phương thức lan truyền và phản ứng của ký chủ. Điểm mới là ông đã đưa danh pháp “tên kép La tinh” (Latin binomial) để đặt tên virus giống như của các đối tượng khác trong phân loại sinh học. Theo cách của ông, TMV trở thành Marmor tabaci (Marmor nghĩa là đá cẩm thạch theo tiếng La tỉnh, âm chỉ triệu chứng khảm là). Với hệ thống này, 53 trong tổng số 89 virus đã được xếp vào chỉ Marmor. Tương tự như cách phân nhóm của Smith, nhiều virus thuộc chỉ Marmor có đặc điểm cơ bản rất khác nhau.
Từ 1940 – 1970, một số hệ thống danh pháp virus dùng tên kép La tỉnh đã được để xuất. Ví dụ TMV đã từng được đặt là Musivum tabxaci (1940), Phytovirus nicomosaicum (1941), Nicotianavir communae (1942), Minchonda nicotianae (1957), Protovirus talsaci (1966), Vironicotum maculars (1968), Virothrix iwanowskii (1970).
Tuy nhiên việc sử dụng tên La tỉnh cho virus đã bị phản đối trong thời gian dài, đặc biệt là từ các nhà virus học thực vật, vẫn đi trước các nhà virus học động vật trong vẫn để phân loại virus. Lý do là họ không chấp nhận khái niệm “loài, species” đối với virus.
Họ cho rằng khái niệm “loài” được chấp nhận duy nhất là “loài sinh học” được áp dụng cho các đối tượng có chung bể gene (genee pool) và biệt lập về sinh sản. Ngoài ra theo họ, nếu chấp nhận một khái niệm loài đối với virus thì chắc chắn sẽ dẫn tới việc La tỉnh hóa tên virus.
Như vậy, có thể thấy các cách phân loại và đặt tên virus ở trên chủ yếu dựa vào bệnh chứ không phải dựa vào virus.
Khái quát về Ủy ban Phân loại Virus Quốc tế (ICTV)
Năm 1966 tại Hội nghị Vĩ sinh vật học Quốc tế tổ chức tại Moscow, một Ủy ban Danh pháp Virus Quốc tế (International Committee for the Nomenclature of Viruses) dã được thành lập với nhiệm vụ phát triển một hệ thống phân loại và danh pháp được chấp nhận về mặt quốc tế và thống nhất cho tất cả các loại virus.
Vào năm 1973, Ủy ban này đổi tên thành Ủy ban Phân loại Virus Quốc tế (International Committee on Taxonomy of Viruses, ICTV).
Về mặt tổ chức, hiện nay, ICTV gồm khoảng 500 nhà virus hàng đầu trên thế giới, chia thành 5 “tiểu ban” (subcommittee) chuyên môn làc
1. Virus động vật có xương sống.
2. Virus động vật không xương sống.
3. Virus thực vật
4. Virus ký sinh trên vì khuẩn (thực khuẩn thể).
5. Virus ký sinh trên nấm (virus năm).
6. Và một tiểu ban cơ sở dữ liệu.
Các tiểu ban chuyên môn lại bao gồm các “nhóm nghiên cứu” (study – group), mỗi nhóm chịu trách nhiệm đối với 1 họ virus hoặc 1 nhóm virus chưa phân loại.
Cho tới nay, ICTV đã công bố 7 bảo cáo trình bày hệ thống phân loại và danh pháp của tất cả các đối tượng virus trên thế giới vào các năm 1971, 1976, 1979, 1982, 1991, 1995, 2000 và 2005.
Báo cáo lần thứ 7 (năm 2000) đã chính thức chát ru khái niệm “loài” virus và quy định cách viết tên loài. Báo cáo cũng liệt kê 1550 loài, 233 chỉ và 56 họ.
DANH PHÁP VIRUS HIỆN TẠI THEO ICTV
Tên virus. Tên virus thường do các tác giả đặt theo trật tự sau: Tên ký chủ đầu tiên virus được phát hiện + triệu chứng điển hình + từ virus.
Cần chú ý là tên virus chính là tên thông thường (common name) nên hiển nhiên là khác nhau giữa các nước. Tuy nhiên chúng ta thường quen với tên thông thường tiếng Anh, chẳng hạn như Tobacco Mosaic Virus. Do vậy, các tác giả phát hiện virus thường đặt tên tiếng Anh cho virus.
